새농촌합작의료 지불방식 개혁의 핵심은 후불제에서 선불제로 전환하고 기본의료보험의 기초 작용을 충분히 발휘하며 의료기구 보상기제와 격려기제간의 전환을 실현하는것이다. 국가보건산아제한위원회 관계자는, 현재 90%이상의 새농촌합작의료 통합지역에서 지불방식개혁을 전개하고 있다고 밝혔다.

강소성 동해현은 현과 향 2급 의료기구에서 “외래 진료 향촌 2급 진료총액 선불제도”를 전면실시하고 입원시 “질병 분류별 침상 일일 지불”을 실시하는 혼합지불제도개혁을 추진하였다.

하남성 식현은 정부에서 공중보건봉사를 구매하는 방식으로 지불제도개혁과 협력의료를 종합하여 공립병원의 영리 기제를 타파했다.

산서성 청서현은 급별 진료제도를 전개하여 지불방식개혁을 지렛대로 먼저 기층에서 병을 보이고 량방향으로 병원을 옮겨 진찰하며 급별 진료를 실시하는 실무기제를 총화하여 의료자원 리용률을 높였다.
운남성 상운현은 새농촌합작의료 DRGs 지불방식개혁을 통하여 공립병원개혁을 추진했다.

국가보건산아제한위원회 발전연구센터 부연구원 주조방은, 형식면에서 볼때 4개 지방은 각자 특색을 살려 각종 지불방식을 세분화하거나 승격시켰다고 말했다.

주조방 부연구원은, 내용면으로 볼때 각지에서는 서로 다른 방식을 취했지만 가장 관건적인것은 비용추산이고 이는 의료기구의 적극성과 능동성을 충분히 발휘한 토대우에 의학법칙을 충분히 존중하고 의무일군들과의 수차 담판, 협상끝에 확정한 지불표준이라고 말했다.

주조방 연구원은, 세번째는 지불방식개혁은 단순한 기술문제가 아니라 여러 부대정책과 각종 개혁추진을 필요로 하고 있다고 말했다.